Medio siglo antes del descubrimiento de Nag Hammadi, en Oxyrhynchus, una antigua ciudad egipcia, se descubrieron unos fragmentos de papiro escritos en griego, que correspondían a un evangelio apócrifo atribuido al Apóstol Tomás. La paleografía fechó la redacción de los mismos hacia el año 200 al 250 d.C. y desde entonces, se creyó que una vez existió un quinto libro análogo a los canónicos, en donde se registraban las enseñanzas de
Jesús.

A pesar de que una de estas páginas se encuentra el Museo Británico, en Londres, Inglaterra, no se le dio mayor importancia al tema hasta el descubrimiento de la versión copta que ofreció el texto completo del Evangelio, y que fue hallado junto a los manuscritos de Nag Hammadi. Así, mientras a los fragmentos griegos se los conoce como Papiros de Oxyrhynchus, al texto copto se lo llama "Codex II de Nag Hammadi" o Jung Codex, como se vio anteriormente.
De hecho, el contenido más asombroso, difundido y polémico de los papiros de Nag Hammadi correspondía a este Evangelio de Tomás, en el segundo de los trece códices descubiertos, exactamente en los folios 33 al 53 (veinte páginas en total). El texto en lengua copta terminaba diciendo: Euanguélion, Katá tomas (Evangelio, según Tomás), y se trata de una colección íntegra de dichos introducidos con la frase "Jesús dijo" o "Él dijo". También se le conoce como “Palabras Ocultas de Jesús Escritas por Tomás”, y como "Los dichos secretos que Jesús viviente habló".
Supuestamente anterior a los Evangelios Canónicos aceptados en la Biblia (se dice que data del año 350 d.C.), su estudio ha generado una enorme controversia, y los estudiosos, incapaces de ponerse de acuerdo, le han atribuido un sinfín de interpretaciones de diversas tendencias. No obstante, no se sabe si lo que se conserva actualmente responde a un original copto, o es más bien una traducción griega de copias anteriores escritas en el idioma original, como parecen mostrarlo los fragmentos descubiertos entre los años 1896 y 905 en Oxirrinco.
El autor del Evangelio de Tomás se registra como Dídimo Judas Tomás o Santo Tomás el apóstol, uno de los doce. Seguidor de Jesús y uno de los más populares también a causa de su apodo de "Dídimo", que significa gemelo. Según la tradición antigua, de hecho, Tomás habría sido el gemelo espiritual de Jesús, y tenido acceso a la enseñanza gnóstica secreta que El impartió en su paso por la Tierra. Su nombre ha pasado la historia asociado con el concepto de incredulidad, ya que no quiso creer en la resurrección de Jesús antes de haber tocado las heridas y llagas del cuerpo resucitado con las manos.
Pero lo importante es: ¿inventó Tomás estos escritos? Parece difícil. ¿Para qué hacerlo? Además, si lo hizo, ¿de dónde sacó tanta sabiduría como la que se desprende de los dichos de Jesús? Si la tomó de otra fuente gnóstica, ¿por qué ponerla en boca de Cristo? El tono de los enunciados son idénticos a los que aparecen en los Evangelios Canónicos. Sin embargo, totalmente distinto en la forma de presentación y en los temas que aborda a los Evangelios Canónicos, el escrito recopila una compilación de enseñanzas atribuidas a Cristo y reveladas que Tomás escribió dirigidas, a juzgar por su introducción, a un sector docto (gnóstico) capaz de darles la correcta interpretación. El sentido gnóstico de este Evangelio se ubica en la ambivalencia de ciertas expresiones atribuidas a Jesús, como ésta: "Los fariseos y los escribas recibieron las llaves del conocimiento y las han escondido: ni ellos entraron, ni dejaron entrar a los que querían. Pero vosotros sed cautos como las serpientes y sencillos como las palomas. (Tomás, 39).
Se trata de una colección de 117 proverbios, dichos o logias (palabras, en griego) pronunciados por Jesús durante sus años de prédica y que resumen sus enseñanzas más significativas, presentados bajo la forma de un diálogo con Tomás, sin narrativa ni relatos sobre la vida de Jesús. Este Evangelio fue citado por algunos autores de la cristiandad antigua -por ejemplo, el proverbop número 2 lo fue por Clemente de Alejandría (150-211 d.C.) en su obra Stromata ('Remedios')- aunque sin atribución explícita a Tomás. El texto dice: "Jesús ha dicho: Que quien busca no deje de buscar hasta que encuentre, y cuando encuentre se turbará, y cuando haya sido turbado se maravillará y reinará sobre la totalidad y hallará el reposo". Esto demuestra que el libro, en su forma primitiva, existía ya en el 190 d.C., fecha de composición de Stromata. Sin embargo, existen evidencias que el de Tomás pudo haber sido el Evangelio más antiguo (con seguridad su versión original es anterior al 100 d.C.), o al menos, el que recoge con mayor fidelidad y sin agregados mítico-legendarios a las palabras dichas por el Jesús histórico.
San Agustín afirma, en Contra epistulam quam vocant Fundamenti, que este escrito fue conocido por el gnóstico Mani y posteriormente empleado por la secta maniquea.
El descubrimiento de la versión copta del Evangelio de Tomás en Nag Hammadi ha permitido, finalmente, disponer este manuscrito en su totalidad, y casi todos los eruditos bíblicos que lo han estudiado, han concluido que el contenido de este Evangelio se identifica como parte del movimiento del Gnosticismo, y que debe ser aceptado como un auténtico quinto Evangelio, junto con el cuarteto canónico de San Juan y los sinópticos.
El Evangelio de Tomás fue fotografiado por primera vez en 1956, publicándose su primer estudio crítico tres años más tarde. La obra ha sido fruto de innumerables estudios, traducciones, comentarios y publicaciones en varias lenguas. Se conjetura que la obra sufrió un proceso de análisis crítico por parte de la Iglesia, siendo censurada primero y autorizada cerca del año 1961. En Francia, de hecho, se publicó una edición provisional completa en 1974, y 15 años más tarde se editó una versión íntegra. La versión original, en tanto, se conserva en el Museo Copto de Antiguo Cairo en Egipto, al igual que el resto de los manuscritos.
Otros ejemplos de escritos gnósticos son el Fragmento Gnóstico de Oxyrhynchus, que consiste en una supuesta conversación de corte gnóstico entre Jesús y sus discípulos; el de la Logia de Oxyrhynchus, dónde aparece en boca de Jesús la teoría gnóstica de la ubicuidad, y fragmentos evangélicos coptos que tienen relación, por ejemplo, con en himno gnóstico de los Hechos de Juan. Entre estos, los papiros coptos de Berlín contienen tres Evangelios de carácter gnóstico, que son el Evangelio de María Magdalena, el Apócrifo de Juan -que contiene supuestas revelaciones celestiales hacia Juan para que él las haga llegar a sus discípulos- y el Agrapha, de origen musulmán, con sentencias atribuidas a Jesús, como ésta: ”Dijo Jesús: ¿Cómo va a ser contado entre los sabios el que andando por la senda que conduce a la vida futura, dirige la sus pasos hacia la vida de este mundo? “.
El Evangelio de Felipe el Evangelista- mencionado en los Hechos de los Apóstoles en 6:1-6, 8:4-40 & 21:8-14- , tal como se puede inferir de sus dichos 51, 82, 98 y 101, se completó después del año 70 d.C. No hay ninguna cita previa conocida de esta escritura, la cual constituye una serie compleja y elegante de reflexiones sobre Israel y el Mesías. Por la complejidad de su contenido, que reproduce la teoría de la unión de principios a nivel cósmico y una curiosa aprobación a ciertos tipos de sacramentos, como la redención y el bautismo con un claro trasfondo gnóstico., parece dirigido a medios elitistas capaces de interpretarlo. En línea con el Gnosticismo, afirma su subordinación con respecto a Dios y niega la corporeidad de Cristo con frases como ésta: Jesús los llevó a todos a escondidas, pues no se manifestó como era (de verdad), sino de manera que pudiera ser visto (...) por ello su Logos se mantuvo oculto a todos. (Felipe, 26)
Sirven de base para este Evangelio las epístolas y libros canónicos de Mateo y Juan, y fue mencionado en los relatos de Timoteo de Constantinopla (De receptione haereticorum) y de Teodoro de Raithu (De Sectis).
El Evangelio de la Verdad, por último, se compuso cerca del año 150 d.C. por Valentín, el santo famoso de Alejandría (nacido el año 100 d.C.). Consiste en una entretejida meditación continua sobre el Logos, y fue conocida extensamente en la antigüedad, aunque hasta el descubrimiento de Nag Hammadi no se tenía conocimiento de la existencia de copia alguna de este documento.